Phù Đổng Ninh Bình FC được thành lập ngày 4 tháng 10 năm 2015 với 4 thành viên sáng lập, với tôn chỉ hoạt động là "xây dựng một đội bóng minh bạch, trong sạch và chuyên nghiệp". Đội bóng hoạt động theo mô hình câu lạc bộ bóng đá cộng đồng của Nhật Bản, tức là đội bóng không thuộc về ông bầu nào, mỗi hội viên, người hâm mộ chính là thành viên của đội bóng.
Ninh Bình - vùng đất yên bình nằm bên dòng sông Hoàng Long hùng vĩ, không chỉ nổi tiếng với cảnh đẹp thiên nhiên hữu tình mà còn là điểm đến lý tưởng cho những tín đồ của môn thể thao vua - bóng đá. Được biết đến với đội bóng đá Phù Đổng Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình đã đặt chân mình lên bản đồ của làng bóng đá Việt Nam và thế giới.